獨(dú)立核算是指對本單位的業(yè)務(wù)經(jīng)營活動(dòng)過程及其成果進(jìn)行系統(tǒng)的會(huì)計(jì)核算。非獨(dú)立核算又稱報(bào)賬制， 是把本單位的業(yè)務(wù)經(jīng)營活動(dòng)有關(guān)的日常業(yè)務(wù)資料， 逐日或定期報(bào)送上級單位， 由上級單位進(jìn)行核算。

獨(dú)立核算單位的特點(diǎn)是：在管理上有獨(dú)立的組織形式， 具有特定數(shù)量的資全， 在當(dāng)?shù)劂y行開戶；獨(dú)立進(jìn)行經(jīng)營活動(dòng)， 能同其他單位訂立經(jīng)濟(jì)合同；獨(dú)立計(jì)算盈虧， 單獨(dú)設(shè)置會(huì)計(jì)機(jī)構(gòu)并配備會(huì)計(jì)人員， 并有完整的會(huì)計(jì)工作組織體系。非獨(dú)立核算單位的特點(diǎn)是一般由上級撥給特定數(shù)額的周轉(zhuǎn)金， 從事業(yè)務(wù)活動(dòng)， 收入需全部上繳， 所有支出向上級報(bào)銷， 本身不單獨(dú)計(jì)算盈虧， 只記錄和計(jì)算幾個(gè)主要指標(biāo)， 進(jìn)行簡易核算。

在稅務(wù)實(shí)踐中，只要是辦理營業(yè)執(zhí)照的，包括分公司營業(yè)執(zhí)照，都是需要辦理稅務(wù)登記并做稅種核定、稅源登記等，在稅務(wù)局的管理系統(tǒng)中就是一個(gè)獨(dú)立的納稅人。

根據(jù)稅種的不同，稅收繳納地也是有不同的規(guī)定，因?yàn)樯婕暗礁鞯卣亩愂帐杖敕峙?。房產(chǎn)稅和城鎮(zhèn)土地使用稅，屬于屬地稅種，需要在房屋所在地的稅務(wù)局繳納，因此分公司有房屋等不動(dòng)產(chǎn)的，房產(chǎn)稅和土地使用稅都是需要在當(dāng)?shù)囟悇?wù)局繳納。

對于增值稅，如果沒有經(jīng)過稅務(wù)局批準(zhǔn)匯總繳納的，分公司也是一個(gè)獨(dú)立的納稅人，也是需要單獨(dú)以分公司名義繳納增值稅。

對于企業(yè)所得稅，涉及到總分機(jī)構(gòu)匯總納稅的，主要規(guī)定是《稅務(wù)總局關(guān)于印發(fā)<跨地區(qū)經(jīng)營匯總納稅企業(yè)所得稅征收管理辦法>的公告》（稅務(wù)總局公告2012年第57號,以下簡稱57號公告）。

57號公告第五條規(guī)定，以下二級分支機(jī)構(gòu)不就地分?jǐn)偫U納企業(yè)所得稅：

(一)不具有主體生產(chǎn)經(jīng)營職能，且在當(dāng)?shù)豤不繳納增值稅、營業(yè)稅的產(chǎn)品售后服務(wù)、內(nèi)部研發(fā)、倉儲(chǔ)等匯總納稅企業(yè)內(nèi)部輔助性的二級分支機(jī)構(gòu)，不就地分?jǐn)偫U納企業(yè)所得稅。

(二)上年度認(rèn)定為小型微利企業(yè)的，其二級分支機(jī)構(gòu)不就地分?jǐn)偫U納企業(yè)所得稅。

(三)新設(shè)立的二級分支機(jī)構(gòu)，設(shè)立當(dāng)年不就地分?jǐn)偫U納企業(yè)所得稅。

(四)當(dāng)年撤銷的二級分支機(jī)構(gòu)，自辦理注銷稅務(wù)登記之日所屬企業(yè)所得稅預(yù)繳期間起，不就地分?jǐn)偫U納企業(yè)所得稅。

(五)匯總納稅企業(yè)在中國境外設(shè)立的不具有法人資格的二級分支機(jī)構(gòu)，不就地分?jǐn)偫U納企業(yè)所得稅。